В 30-х роках минулого століття серед медичної спільноти Чернігівщини зародилась гостра потреба в медичних книгах, журналах, нормативній документації. За ініціативою лікарів Маслова , Голуба, Смертенка та ін. розпочався збір фундаментальної літератури. І у далекому 1933 році в обласному центрі при бактеріологічному інституті засновується медична бібліотека – спочатку як філія Української наукової медичної бібліотеки.

Першим директором її була лікар-психіатр Гайсинська М.Л. Вже у 1935 році бібліотека набула статус обласної, а у 1936 році була переведена у центр міста і розмістилася у чотирьохкімнатному будинку. В ній на той час нараховувалося 12 тис. томів, виписувалося понад 60 медичних журналів українською, російською, англійською, французькою та німецькою мовами. У 1937 році на посаду директора було призначено лікаря-рентгенолога Буртковського Йосипа Емануїловича. Перед війною фонд бібліотеки виріс до 41 тис., а штат – до 7 працівників. Але і приміщення самої бібліотеки, і всі надбання згоріли у полум’ї війни. Відновлювати її довелося новому директору Каменецькій Зінаїді Михайлівні на початку 1944 року. Все довелося починати з нуля, і лише через десять років вдалося досягти довоєнного рівня.

Протягом 38 років (1957-1996 рр.) бібліотеку очолював Дуля Матвій Матвійович, який за словами заслуженого працівника культури, генерального директора Національної наукової медичної бібліотеки Раїси Павленко «вніс вагомий вклад в розвиток бібліотечної справи України, медичної бібліографії та історії медицини». Вміло підібравши кадри талановитих, відданих своїй справі людей, він вивів бібліотеку на рівень кращих в Україні, написав низку наукових праць, вінцем яких стала його фундаментальна книга «З історії медицини Чернігівщини».

У 1995 році естафету керування колективом прийняла Динька Ніна Петрівна, яка продовжувала кращі традиції бібліотеки, надбані протягом багаторічної роботи.

З 2002 року обіймає посаду директора Яременко Надія Дмитрівна, впроваджуючи в її роботу нові бібліотечні інновації та комп’ютерні технології. Бібліотека стрімко розвивається, вливаючись у всесвітній інформаційний простір. Відкрито веб-сайт. Застаріла інформаційно-бібліотечна програма MARK замінена на сучасну міжнародну програму IRBIS. Кожен відділ має АРМ, покращена матеріально-технічна база бібліотеки. Якісне комплектування є пріоритетним. З метою створення і використання медичних інформаційних ресурсів і найбільш повного оперативного задоволення потреб користувачів, у 2007 бібліотека увійшла до Міжрегіональної корпоративної системи медичних бібліотек України з предметизації медичних періодичних видань.

У бібліотеці працює ЕК ( Електронний каталог), який включає описи книг, журналів, журнальних та газетних статей і налічує 197995 джерел. У 2017 році розпочата робота з інвентаризації книжкового фонду, яка супроводжується штрих-кодуванням. Заштрихкодовано 30000 примірників. Закінчено формування електронного ретро-каталогу, який нараховує 82164 примірника. Бібліотека співпрацює з Асоціацією бібліотек України, ННМБ України, іншими бібліотеками та громадськими організаціями. Ведеться наукова робота з питань медичного краєзнавства. Бібліотека співпрацює з громадськими організаціями та бібліотеками України та країн СНГ.

Святкування 85 річчя Чернігівської обласної наукової медичної бібліотеки відбудеться у Всеукраїнський День бібліотек (30 вересня).