Народився Дяченко Сергій Степанович у с. Нова Басань Бобровицького району Чернігівської області. У 1919р. закінчив Чернігівську земську фельдшерську школу (нині Чернігівський базовий медичний коледж), далі 3 роки працював санітарним інспектором та протиепідемічним фельдшером. Протягом 1922-1927 років навчався в Київському медичному інституті. По закінченню його працював у Ніжині ординатором міської інфекційної лікарні та водночас санітарним лікарем. Одночасно викладав у Ніжинському інституті народної освіти. Наприкінці 1929 року вступив до інтернатури з мікробіології при Київському санітарно-бактеріологічному інституті, закінчивши її був запрошений на наукову роботу. Тут він пропрацював до 1963 року почавши з посади молодшого наукового співробітника, далі був старшим науковим співробітником, завідувачем антигенної лабораторії, мікробіологічного відділу та науковим консультантом інституту, а протягом 1943-1951 рр. – заступником директора з наукової роботи.

З 1935 року на кафедрі мікробіології Київського медичного інституту, був асистентом, потім доцентом цієї кафедри. Науковий ступінь кандидата медичних наук було присвоєно за сукупністю робіт у 1936 році. Захистив докторську дисертацію 1941 року. 1938 року відбув ув'язнення за звинуваченням у шкідництві, яке було інспіроване НКВС.

У грудні 1943 року обраний завідувачем кафедри мікробіології санітарно-гігієнічного і педіатричного факультетів Київського медичного інституту. Паралельно ще з 1936 року в цьому інституті було дві кафедри мікробіології, ще одна була в складі лікувального факультету. З 14 листопада 1944 року кафедри було об'єднано в одну під головуванням Сергія Степановича Дяченко. Протягом усього періоду викладання в інституті вів заняття українською мовою, хоча у той час це було небажано і практично на всіх кафедрах велося російською мовою. Хоча при цьому був членом КПРС (1967). Він завідував кафедрою до 1973 року, а далі до кінця свого життя був її науковим консультантом.

Наукові праці: «Цереброспинальный менингит» (1935); «Мікроорганізми і їх роль в житті людини» (1950); «Діагностичні мікробіологічні дослідження при інфекційних захворюваннях» (1957); «Патогенные вирусы человека» (1974, 1980); «Классификация вирусных инфекций человека» (1977); «Микробиологические методы диагностики инфекционных заболеваний» (1982).

Помер на 94-му (22.01.1992р.) році життя, похований на Байковому кладовищі.